نرم افزار های اتوماسیون اداری علاوه بر معماری، تکنولوژی مورد استفاده در توسعه، پروسه توسعه و ... از لحاظ امکانات کاربری دارای قابلیت های گوناگونی هستند.

ولی اگر تعریف اتوماسیون اداری پشتبانی از ارتباطات به معنای عام کلمه در یک سازمان باشد می توان گفت حداقل این امکانات عبارتند از:

1- پشتیبانی از انواع مکاتبات و مراودات درون و بین سازمانی بصورت الکترونیک و سیستم کارتابل نامه های اداری 
2-امکان به اشتراک گذاری وظایف و اطلاعات سازمانی و توانایی پیگیری امور با هدف تحقق کارگروهی و تیمی.
3- امکان تعریف فرمهای سازمانی به صورت الکترونیک 
4- موتور گردش کار جهت محقق سازی فرآیندهای سازمانی که می تواند به صورت ارجاعات در نرم افزار اتوماسیون اداری پیاده سازی شود. این ارجاعات می تواند بر اساس چارت سازمانی صورت گیرد.
5- بهره گیری از سیستم مدیریت اسناد الکترونیک جهت پشتیبانی از انواع مستندات سازمانی مانند عکس، فایل های پی دی اف و ورد و ....
6- بهره گیری از سیستم بایگانی متمرکز سازمانی جهت بایگانی کردن فایل ها و مستندات سازمان . این گزینه می تواند برای نرم افزار حسابداری نیز به عنوان یک امکان مثبت در نظر گرفته شود. تمامی مدارک و مستندات نرم افزار حسابداری به صورت الکترونیکی در نرم افزار بایگانی نگهداری شوند.
7- پشتیبانی از سازمان های متمرکز و توزیع شده 
8- امکان تبادل اطلاعات با سایر سیستم های اتوماسیون اداری مانند سایر نرم افزارهایی که در سازمان نصب هستند و مورد استفاده قرار گرفته اند.
9-امکان تبادل اطلاعات با بیرون سازمان از طریق انواع استاندارد داده های ارتباطی نظیر ایمیل، فکس و اس ام اس.
امکانات دیگری که می تواند یک سیستم اتوماسیون اداری را به صورت ممتاز مطرح نماید عبارتند از:
1- ارتباط سیستم با سایر سیستمهای عملیاتی بخشهای مختلف سازمان نطیر مالی، دریافت پرداخت، کارگزینی، انبار، فروش، امور خریداران و ...
2- امکان مدیریت کار در سازمان به مفهوم تعریف و ارجاع کار و پیگیری اقدامات انجام شده روی کار توسط پرسنل مختلف
3- امکان دور کاری در بستر امن الکترونیک

امکاناتی که نرم افزار اتوماسیون اداری باید داشته باشد به موارد مطرح شده در بالا محدود نمی شود و امروزه نرم افزار اتوماسیون اداری امکانات خیلی بیشتری دارند.